گرچه به فرمان تقدیر صفحه زندگانى شیخ بهائى درهم پیچده و مرگ، چهره این دانشمند را از دیدگان، پنهان داشته است، لکن آثار فراوان و تألیفات گرانبهاى جاویدانش او را در عرصه روزگار جاوید نگهداشته است، که اینک نام کتابهاى گرانقدر او را که در دانشهاى گوناگون تألیف کرده است، می‌آوریم:
1- العروة الوثقى در تفسیر (مطبوع) 2- جامع عباسى در فقه (مطبوع)
3- رساله فارسى در اسطرلاب 4- رساله عربى در اسطرلاب
5- حاشیه بر تفسیر بیضاوى (مطبوع) 6- حاشیه بر خلاصة الاقوال
7- الاثنى عشریات الخمس 8- رسالة الحساب بفارسى
9- عین الحیاة در تفسیر 10- حاشیه بر مختلف الشیعه
11- حاشیه بررجال نجاشى 12- ریاض الارواح (منظومه)
13- شرح تفسیر بیضاوى 14- حاشیه بر «الفقیه»
15- سوانح سفر حجاز 16- حواشى شرح التذکرة
17- تشریح الافلاک (مطبوع) 18- حل حروف القرآن
19- توضیح المقاصد 20- رسالة فى الموارث (مطبوع)
21- حاشیه بر قواعد 22- حاشیه بر مطول
23- حواشى بر کشاف 24- شرحى بر شرح چغمین
25- حاشیه بر ارشاد الاذهان 26- رساله تضاریس الارض
27- شرح حق المبین 28- شرح دعاى صباح
29- الحبل المتین (مطبوع) 30- شرح اربعین (مطبوع)
31- زبدة الاصول (مطبوع) 32- الرسالة الهلالیه
33- اسرار البلاغة 34- درایة الحدیث (مطبوع)
35- الکشکول (مطبوع) 36- لغز الزبدة
37- بحر الحساب 38- لغز النحو
39- رسالة فى السورة 40- تنبیه الغافلین
41- الصراط المستقیم 42- الرسالة الاعتقادیة
43- مشرق الشمسین (مطبوع) 44- مفتاح الفلاح (مطبوع)
45- خلاصة الحساب (مطبوع) 46- المخلاة (مطبوع)
47- الجوهر الفرد 48- الفوائد الصمدیه (مطبوع)
49- تهذیب النحو (مطبوع) 50- الجبر و المقابلة
51- رسالتان کریتان (مطبوع) 52- رساله‌اى در قبله
53- دیوان شعر 54- رساله‌اى در صلوة
55- رساله‌اى در حج 56- گربه و موش (مطبوع)
57- لغز القانون 58- لغز الکشاف
59- شرح صحیفه سجادیه تحت عنوان «حدائق الصالحین».
60- رساله‌اى در اینکه پرتو ستارگان از آفتاب گرفته می‌شود.
61- جواب سوالات شیخ صالح جزائرى، 22 مسألة.
62- شرح الفرائض النصیریه محقق طوسى.
63- حاشیه شرح عرضدى بر مختصر الاصول.
64- رساله‌اى در حل اشکال عطارد و قمر.
65- رساله‌اى در نسبت کوههاى بلند بر قطر زمین.
66- رساله در قصر و تخییر در تفسیر.
67- حاشیه «الاثنى عشریه» شیخ حسن.
68- رساله‌اى در ذبایح اهل کتاب.
69- حاشیه بر «معالم العلماء» ابن شهر آشوب که از او در «ریاض» نقل می‌شود.
70- رساله‌اى در ترجمه آنچه امام رضا علیه السّلام بر مأمون نوشته است.
71- وسیلة الفوز و الامان، که شعرى است در مدح صاحب الزمان.
72- شرحى بر شرح رومى بر ملخص.
73- کتابى در اثبات وجود قائم علیه السّلام.
74- رساله‌اى در حل عبارتى از «القواعد».
75- رساله‌اى در احکام سجود تلاوت.
76- جواب المسائل المدنیات.
77- رساله در طبقات الرجال.
و اشعار زیادى از مثنوى و قصیده و ارجوزه، و نیز حاشیه‌هایى بر بعضى از تألیفات خودش دارد. علاوه بر اینها، گروهى از دانشمندان معاصر وى و دانشمندان پس از وى شروح و تعلیقاتى به نظم یا نثر بر آثار شیخ بهایى نوشته‌اند که این همه، از درجه توجه و اعتناى شدید این دانشمندان بر آثار این دانشمند، و از مراتب بزرگداشت آنها از او حکایت می‌کند.
الغدیر فى الکتاب و السنه و الادب، ج11، ص: 343